Geboren am 8. Juli 1968 in New York (US-Bundesstaat New York)

Michaels Vater Michael Weatherly Senior war ein bekannter Broadwayproduzent, seine Mutter Patricia Weatherly Krankenhausangestellte.
Er wuchs mit sech Geschwistern in Fairfield (US-Bundesstaat Connecticut) auf.

Nach seiner Schulausbildung versuchte er sich als Student an der Boston University und American University in Washington D.C., was er jedoch schon nach kurzer Zeit wieder aufgab, um sich seiner Leidenschaft , der Schauspielerei, zu widmen.
Zunächst verdiente er sein Geld als Pizzabote, Schuhverkäufer und Songschreiber. 1992 bekam er dann seine erste Rolle in der "Bill Cosby Show". Danach spielte er drei Jahre lang in der Seifenoper "Loving" mit, wo er seine ehemalige Frau Amelia Heinle, mit der er einen Sohn hat, kennenlernte.

Seinen größten Erfolg hatte er mit der Serie "Significant Others", in der er mit der damals unbekannten Jennifer Garner spielte. Desweiteren war Weatherly in den US-Serien "Charmed - Zauberhafte Hexen“ und "Dark Angel" mit Jessica Alba, zu sehen.

Seit 2003 spielt er in "Navy CIS" die Rolle des Anthony DiNozzo und machte nebenbei den Soundtrack für die Serie.